Os primeiros moradores a chegarem na localidade, então conhecida como Tunas, foi por volta do ano de 1913, sobrevivendo através do cultivo da erva-mate, mais tarde denominou-se Guabiroba devido a grande quantidade da plantas nativas. As primeiras famílias que se estabeleceram em São Pedro foram: Guilherme Vargas, Ildebrando Baiano, na posse de Fastino Cauderom, ambos destacaram-se a agricultura, tornou-se o primeiro professor da comunidade, mais tarde vieram as famílias Silva, Stein, Zandona, Brizolla, Machado, Westphalen, Larsen, Cristovam, Batista, Pais, Sutel, Quimaraes, Prestes, Zuliani, Ardengui e Paim, seguido pelas famílias Molinari, Ibel, Moreira, Jiméli, Martins, Antunes e Passini.

As primeiras indústrias eram moinho a água e uma cerraria, no comercio estabeleceram-se Fernando Rosa da Silva, Rodolfo Moura, Antonio Zandona e Dorvalino Dorval Bresan. Em 1967 passou a distrito de Palmeira das Missões e a ser chamada de São Pedro da Missões, pela construção da Igreja Católica de São Pedro. No dia 16 de abril de 1996, através de Lei Estadual, passou a condição de município.

O município localiza-se no Planalto Meridional do Rio Grande do Sul, a 380 Km da capital e a 20 Km de Palmeira da Missões, tendo uma área territorial de 79 km². São Pedro abriga cerca de 1886 habitantes, sua economia é caracterizada por minifúndios que tem como principal cultivo, a erva-mate, milho, feijão preto, soja, suinocultura, gado leiteiro, com um expressivo crescimento na produção de alimentos na agricultura familiar, resultando no aumento da geração de emprego e renda na propriedade rural.

São Pedro das Missões foi criado pela Lei n° 116/96 de março de 1996. Munícipio de origem: Palmeira das Missões.

O novo município delimita-se ao norte com o município de Boa Vista das Missões e Lajeado do Bugre, ao leste com a Sagrada Família, ao sul com o município de São José e a oeste com o município de Palmeira das Missões.

A base econômica do município está fundamentada na agricultura familiar.

  • População Total (2011): 1.886 habitantes
  • Área (2015): 79,965,1 km²
  • Densidade Demográfica (2011): 23,598 hab/km²
  • Taxa de analfabetismo de pessoas com 15 anos ou mais (2010): 14,12 %
  • Coeficiente de Mortalidade Infantil (2010): 0,00 por mil nascidos vivos
  • PIBpm(2010): R$ mil 26.012
  • PIB per capita (2010): R$ 13.792
  • Índice de Desenvolvimento Humano Municipal – 2010 (IDHM 2010) 0,664
  • População residente alfabetizada 1.523 pessoas